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Problem compiling master branch with OPENMP

asked 2020-08-21 22:36:16 +0200

andres gravatar image

updated 2020-08-21 22:39:12 +0200

I would like to compile the latest code (master branch, downloaded today) using OPENMP. I am getting the following error, anyidea what is the issue?

The error shows at the end.

...

dpremix.o t3dpremix.o update3D.o zoombc_3Dfast.o Agrif2Model.o send_xios_diags.o cpl_prism_define.o cpl_prism_put.o cpl_prism_init.o cpl_prism_get.o cpl_prism_getvar.o cpl_prism_grid.o -L/usr/lib -lnetcdff -fPIE -pie -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -lnetcdf -lnetcdf
init_scalars.o: En la función `init_scalars_._omp_fn.0':
init_scalars_.f:(.text+0x3): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `.gomp_critical_user_isca_cr_rgn' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_scalars_.f:(.text+0x1a): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `.gomp_critical_user_isca_cr_rgn' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_scalars.o: En la función `init_scalars_':
init_scalars_.f:(.text+0x427): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `bry_indices_integer_' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_scalars_.f:(.text+0x462): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `mixing_csmooth_' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_scalars_.f:(.text+0x46c): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `mixing_ismooth_' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_scalars_.f:(.text+0x5c6e): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `climat_tdat_' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_scalars_.f:(.text+0x5c78): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `climat_tdat_' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_arrays.o: En la función `init_arrays_tile_':
init_arrays_.f:(.text+0x338): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `avg_t_' definido en la sección COMMON en init_arrays.o
init_arrays_.f:(.text+0x407): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `stfdat_stflxg_' definido en la sección COMMON en init_arrays.o
init_arrays_.f:(.text+0x56a): reubicación truncada para ajustar: R_X86_64_PC32 contra el símbolo `climat_tnudgcof_' definido en la sección COMMON en init_scalars.o
init_arrays_.f:(.text+0x602): se omitieron desbordamientos de reubicación adicionales de la salida
collect2: error: ld returned 1 exit status
Makefile:191: fallo en las instrucciones para el objetivo 'croco'
make: *** [croco] Error 1

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answered 2020-08-24 18:16:27 +0200

andres gravatar image

updated 2020-08-24 18:21:21 +0200

Hi Rachid,

Thanks for the help. It now stops here:

 mpif90 -c -fPIE -pie -Wl,-z,-relo -Wl,-z,now  get_vbc_.f -o get_vbc.o
 get_vbc_.f:633:32:

       bustr(i,j)=SIGN(1.D0, bustr(i,j))*
                            1
 Error: ‘b’ argument of ‘sign’ intrinsic at (1) must be the same type and kind as ‘a’
 get_vbc_.f:641:32:

       bvstr(i,j)=SIGN(1.D0, bvstr(i,j))*
                            1
 Error: ‘b’ argument of ‘sign’ intrinsic at (1) must be the same type and kind as ‘a’
 Makedefs:13: fallo en las instrucciones para el objetivo 'get_vbc.o'
 make: *** [get_vbc.o] Error 1
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answered 2020-08-24 15:00:15 +0200

Rachid gravatar image

Hi Andres You may try to compile without the options at linking: "-fPIE -pie -Wl,-z,relro -Wl,-z,now"

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Asked: 2020-08-21 22:36:16 +0200

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Last updated: Aug 24